网费改革
2011年4月末，学校计划于6月1日实施网费政策改革，但改革方案遭到了校内同学的广泛批评。经过多轮讨论、沟通，学校暂缓了原定的网费改革方案，并于下半年制定了新方案，最终于2012年1月1日实行。
原有收费模式
在2011年改革前，清华校园网收取的费用包括如下两部分：
- 固定费用（联网数：1.5元/月·个，邮箱：3元/月·个，IP：5元/月·个）
- 国际入流量费：1元/MB
由于宿舍区均为固定IP地址，因此，学生每月最低只需支付6.5元，即可享受不限流量（仅限国内）的网络服务。
网费改革过程
爆料
2011年4月29日，百年校庆的各项庆典刚刚结束、学生们正准备享受五一长假的时候，突然一条爆炸性的消息刷遍清华人的人人网和消息圈子：学校即将于6月1日实行网费政策改革，证据是内部知情人士用手机拍摄的一张公示照片。
按此改革方案，除了每月5GB的免费流量外，超出流量将按照每3元/GB的资费标准收费。
讨论
这样的收费标准大大超出了同学们的心理底线，引发广泛讨论和不满，在社交网站上涌现出大量帖子讨论网费改革一事，矛头直指网络中心。反对改革的同学很快产生了阻止这一改革实行的想法。
校学生会生活权益部很快关注到这一事件，并在五一期间向网络中心求证事实。2011年5月5日，其人人网账号“艾生权”发布日志《关于清华大学网费改革的相关公告》，表明了学生会的维权态度：
这件事情目前校会生活权益部已经着手准备相关调研以及反映的工作，具体工作内容初步定为：首先对老师及同学同时进行调研，让同学了解校方涨价的原因，同时让校方了解同学对于网络使用的现状及需求，并将清华即将推出的网费制度与其他高校进行对比，之后做出调研报告并提出满足同学需求的建议交给校方，希望学校对此事有一个重新的考量。如果大家对于我们的工作还有什么更好的建议也希望大家能够积极留言。
2011年5月9日（周一）出版的《清新时报》以 “清华网费‘低价时代’或将一去不返 同学指论证过程缺乏民意倾听”为标题，花费重点篇幅报道了网费改革一事。艾生权的日志和这篇报道进一步把事件公开化。
《清新时报》的报道指出两个重点问题。其一是网络中心有关负责人5月6日在旧水木上发布帖子，声称该方案已经经过四年的调研和讨论，目前已经走完流程，处在实施状态而非酝酿阶段，这也就意味着网费改革已成定局，这显然不能为同学们所接受；其二是网络中心调研得到的大部分同学们上网流量在5G上下的事实也不能与同学的实际经验相符合。由此，网费改革问题的程序公正性受到广泛质疑。
面对这种情况，学校高层介入了此事。5月12日，春季学期第一次校领导接待日提前举行，专题解决网费改革问题。时任常务副校长的陈吉宁、副校长程建平和党委副书记史宗恺同时出席，数十位来自不同院系、不同组织的学生代表参加，网络中心主任吴建平应邀出席。会上，校学生会和研究生会联合反映了他们前期调研的结果，主要指出流量下限5G过低和政策程序不完善的问题，吁情校方叫停这一政策。网络中心和反对改革的同学在会场内外进行了热烈的讨论。
在听取多方意见之后，陈吉宁当场对学生给出如下答复：“5G免费流量、超出部分3元每GB的方案将暂停实施，学校将尽快出台新方案。”他同时承诺，在今后类似涉及到学生直接利益的政策出台前，将力求通过校领导接待日等渠道，广泛征求同学意见，避免类似事件的再次发生。对将来的网络改革方案，陈吉宁也提出了四条原则：
一是为同学提供快捷、安全的网络环境；二是保证学生出于学习需求的网络使用免费；三是考虑同学适当的娱乐活动对网络使用的需求，“适当”的具体标准需要和同学们进一步讨论；四是对影响学业的过度网络资源占用行为进行限制。
陈校长的表态得到大部分同学的认可，本计划6月进行的网费改革也随之暂停。
新方案
新方案将免费流量设定为20GB，之后的流量计费采用梯度计费方式。据学校估计，按此方案，学生网络支出将大大减小（当时统计77%学生的流量使用小于20GB），而学校每年需要贴补600多万元经费。学校委托校学生会和研究生会在2011年9月9日组织了一场资费调整意见咨询会，充分吸收了关心此事的本研学生的意见。新的资费政策阻力较小，意见征询会上的反映也不大。经过三个多月的酝酿之后，2011年12月6日学校正式发布通知，宣布新资费标准将在2011年12月底紫荆区试用，并从2012年1月1日起正式执行。
后续调整
增加免费流量，取消阶梯价
自2017年9月1日起，校园网收费调整如下：
1．“学生基本服务”和“教工基本服务”中的校外入流量由20GB增加为25GB，基本服务中的其他内容（IPv4地址、联网权限、电子邮箱）和资费标准保持不变。
2．“增量服务”取消原有的阶梯计费标准，统一改为2元/GB。
进一步增加免费流量
2019年12月31日晚，邱勇在新年晚会的致辞中表示，从2020年1月1日起，校园网免费入流量增加至50GB。
新冠肺炎疫情时期
受新冠肺炎疫情的影响，学校于2020年2月10日宣布疫情期间免收流量费用[1]（学生免费、教职工仅收取基本月租费）。
2020年8月31日，学校发布《关于2020秋季学期免收校园网超出套餐的流量费用的通知》[2]，宣布2020秋季学期继续免收校园网用户超出套餐的流量费用，通知原文如下：
为进一步保障2020秋季学期教学、科研、管理工作的顺利开展，经学校研究决定，自2020年9月1日至2021年1月31日，免收校园网用户超出套餐的流量的费用。即学生可以免费上网，教职工每月只收基本月租费（12元）。 信息化工作办公室 信息化技术中心 2020年8月31日
截止2021年底，校园流量费用依然处于免收状态。