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2019年5月，新闻与传播学院对清新时报社的人员选拔机制进行改革，内容包括<ref>[https://mp.weixin.qq.com/s/5xNqTp0nZmq7baJeX1kKoA 关于清华大学清新时报总编选拔改革之问询. 无益之事]</ref>：

* 清新时报总编辑岗位将不再由本科四年级的同学担任，改由研究生担任。社长与总编辑合并为一个岗位。
* 2019-2020年度的总编辑岗位将由学院'''直接指定'''，无需通过报社内部讨论。下一年度的总编辑将在全校范围内竞选产生，清新时报出版人、学院负责老师和上一任总编辑具有投票权。
* 执行总编（1位）、副总编（4位）也将面向全校范围进行选拔。

这一改革被指有内定总编辑岗位之嫌，并且措施公布日期与时任总编辑的换届日期非常临近。这一举措在网络上引发了较大的争议<ref>[https://www.zhihu.com/question/324479741 如何看待清华大学清新时报总编选拔改革？. 知乎]</ref>。

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